A pesar de estos esfuerzos Colombia se encuentra muy atrasada, si se tiene en cuenta que ocupa el puesto 75 entre 130 países, según el Índice y Reporte Mundial de Innovación 2008-2009 elaborado por el Insead (Institut Européen d'Administration des Affaires).

Teniendo en cuenta que la C&T es un componente fundamental de la política de desarrollo productivo del país, y que se evidencia una insuficiencia tanto en el esquema institucional como en la dotación y asignación de recursos, el Congreso Nacional aprobó la Ley 1289 de 2009, por medio del cual se transforma a Colciencias en Departamento Administrativo y se crea un fondo nacional para financiar estas actividades. La realidad es que a pesar de los buenos propósitos de sus autores la nueva ley no permite alcanzar plenamente estos objetivos.

Aunque la transformación de Colciencias le permite a esta entidad una mejor interlocución dentro del Gobierno, en de la idea de fortalecer el Sistema Nacional de Ciencia Tecnología e Innovación (Sncti), se le colgaron una serie de funciones que la dejan convertida en un vistoso árbol de Navidad sin capacidad real para llevarlas a la práctica, pues el fondo que se creo, con el nombre de Francisco José de Caldas, es un fondo sin recursos propios que dependerá de los aleatorios aportes del presupuesto nacional, las donaciones y los recursos provenientes de la cooperación internacional.

El Gobierno no quiso admitir la propuesta de dotarlo de rentas de destinación específica, como sí la aceptó para el fondo que se creó dentro de la ley de turismo. Además, la ley no resolvió el problema que existe entre el Sena y Colciencias, ya que, mientras la primera tiene recursos abundantes para fomentar la innovación y la competitividad, la segunda carece de ellos.

La meta de que se eleve la financiación en el campo del desarrollo científico al 1 por ciento del Producto Interno Bruto en el 2010 y al 1,5 por ciento en el 2019, quedó en el Plan de Desarrollo, pero no es resultado de la nueva ley.

Se ha dicho que uno de los avances de la ley es permitir que las regiones puedan tener una mayor participación en la consolidación de los procesos ciencia, tecnología e innovación, de acuerdo con sus fotalezas que le den una particularidad especial y se hagan más competitivas.

En realidad estas funciones las tienen hoy los departamentos y municipios y si no han adelantado proyectos de estas características es porque carecían de recursos para ello. Esta situación se va a superar, y esta es quizás el principal logro de la ley, al permitir que los recursos de las regalías, en cantidad de mil millones de pesos puedan destinarse a la realización de proyectos regionales con estos propósitos.